La conversion et le baptême

L'évêque de Reims, le futur saint Remi, cherche alors probablement la protection d'une autorité forte pour son peuple, et écrit à Clovis dès son avènement. Les contacts sont nombreux entre le roi et l'évêque, ce dernier incitant d'abord Clovis à protéger les Chrétiens présents sur son territoire. Grâce à son charisme et peut-être en raison de l'autorité dont lui même jouit, Remi sait se faire respecter de Clovis et lui sert même de conseiller. Il l'incite notamment à demander en mariage Clotilde, une princesse catholique de haut lignage, fille d'un roi des Burgondes (ce peuple voisin des Francs était établi dans les actuels Dauphiné et Savoie). Le mariage a lieu en 492, probablement à Soissons.
Dès lors, selon Grégoire de Tours, Clotilde fait tout pour convaincre son époux de se convertir au christianisme. Mais Clovis est d'abord réticent : il doute de l'existence d'un Dieu unique ; la mort en bas âge de son premier fils baptisé, Ingomer, ne fait d'ailleurs qu'accentuer cette méfiance. D'autre part, en acceptant de se convertir, il craint de perdre le soutien de son peuple, encore païen : comme la plupart des Germains, ceux-ci considère que le roi, chef de guerre, ne vaut que par la faveur que les dieux lui accordent au combat. S'ils se convertissent, les Germains deviennent plutôt ariens, le rejet du dogme de la Trinité favorisant en quelque sorte le maintien du roi élu de Dieu et chef de l'Église.
Néanmoins, Clovis a plus que tout besoin du soutien du clergé gallo-romain, car ce dernier représente la population gauloise. Les évêques, à qui échoit le premier rôle dans les cités depuis que se sont effacées les autorités civiles, demeurent les réels maîtres des cadres du pouvoir antique en Gaule. C'est-à-dire également des zones où se concentrait encore la richesse. Cependant, même l'Église a du mal à maintenir sa cohérence : évêques exilés ou non remplacés en territoires wisigoths, successions papales difficiles à Rome, mésentente entre catholiques pro-wisigoths (par réalisme) et pro-francs (Remi de Reims, Geneviève de Paris...), etc.

C'est finalement au cours de la bataille de Tolbiac contre les Alamans, vers 496, que le destin efface les doutes de Clovis : son armée est sur le point d'être vaincue. Toujours d'après Grégoire de Tours, ne sachant plus à quel dieu païen se vouer, Clovis prie alors le Christ et lui promet de se convertir s'il obtient la victoire, comme le fit un siècle plus tôt l'empereur romain Constantin. Au cœur de la bataille, alors que lui-même est encerclé et va être pris, le chef alaman est tué d'une flèche, ce qui met son armée en déroute. La victoire est à Clovis et au dieu des chrétiens.
Selon d'autres sources, Tolbiac n'aurait été qu'une étape et l'illumination finale de Clovis aurait en fait eu lieu lors de la visite au tombeau de saint-Martin de Tours. Toujours est-il que Clovis reçoit alors le baptême avec 3 000 guerriers – les baptêmes collectifs étant alors une pratique courante – des mains de saint Rémi, à Reims, le 25 décembre d'une année comprise entre 496 et 499. Ce baptême est demeuré un évènement significatif pour l'histoire de France : presque tous les rois français furent, par la suite, sacrés dans la cathédrale de Reims jusqu'au roi Charles X, en 1825.
Ainsi, le baptême de Clovis marque le début du lien entre le clergé et la monarchie franque puis française, lien qui va durer jusqu'au début du XIXe siècle. Dorénavant, le souverain doit régner au nom de Dieu. Ce baptême permet également à Clovis d'asseoir durablement son autorité sur les populations, essentiellement gallo-romaines et catholiques, qu'il domine : avec ce baptême, il pouvait compter sur l'appui du clergé, et vice-versa.